Le service est responsable de la gestion des archives de la MAE, sous le contrôle scientifique et technique du service interministériel des Archives de France. Il assure la collecte des documents, leur traitement intellectuel et matériel, leur conservation intermédiaire, leur communication et leur valorisation. 800 mètres linéaires d'archives physiques et près de 2 téraoctets d’archives électroniques sont actuellement conservés. Ces archives sont des ressources pour les étudiants et les chercheurs en archéologie (de la Préhistoire à l’époque médiévale), en ethnologie et en histoire des sciences. Les instruments de recherche archivistiques sont accessibles en ligne ainsi que plusieurs ensembles numérisés d’archives de fouilles.